Pada tahun 2029, Kota Niihama telah menjadi kota metropolitan yang maju secara teknologi. Berkat kemajuan pesat dalam bidang sibernetika, warganya mampu mengganti anggota tubuh mereka dengan bagian tubuh robot. Dunia kini lebih saling terhubung daripada sebelumnya, dan Seksi Keamanan Publik 9 kota bertanggung jawab untuk memerangi korupsi, terorisme, dan ancaman berbahaya lainnya menyusul pergeseran ke arah globalisasi ini. Mayor Motoko Kusanagi yang berkemauan keras dari Seksi 9 mempelopori kasus yang melibatkan seorang peretas misterius yang dikenal hanya sebagai "Puppet Master," yang meninggalkan jejak korban yang telah dilucuti ingatannya. Seperti banyak orang di dunia futuristik ini, tubuh Puppet Master hampir seluruhnya robotik, yang memberi mereka kekuatan luar biasa. Saat Motoko dan bawahannya mengikuti jejak penjahat misterius itu, pihak lain—termasuk Seksi 6—mulai terlibat, memaksanya untuk menghadapi sifat kasus yang sangat rumit. Merenungkan berbagai pertanyaan filosofis, seperti makna hidupnya sendiri, Motoko segera menyadari bahwa orang yang akan memberikan jawaban ini tidak lain adalah Puppet Master itu sendiri.