Ittoki Sakuraba gagal memahami mengapa ibunya, pamannya, dan teman masa kecilnya, Kousetsu, tampaknya sangat memperhatikan keamanannya. Kousetsu terus-menerus mengikuti dan mengamatinya tanpa mempedulikan privasinya, hanya berfokus untuk menjaganya tetap aman setiap saat. Namun, gangguan yang terus-menerus itu mulai masuk akal ketika seorang siswa tahun kedua yang menggemaskan di sekolah menengahnya, Satomi Tsubaki, mengajak Ittoki berkencan. Meskipun awalnya tidak bersalah, niat sebenarnya Tsubaki segera menjadi jelas ketika Ittoki mengunjungi rumahnya; dia berencana untuk membunuhnya, dan dia tidak sendirian. Anehnya, orang-orang yang datang membantunya adalah pamannya dan Kousetsu—mengenakan pakaian ninja mereka yang gelap dan mematikan. Setelah Ittoki dikawal ke tempat yang aman, ibunya mengungkapkan kebenaran: dia adalah pewaris ke-19 dari klan ninja bangsawan yang dikenal sebagai Iga, dan menjadi target pembunuhan oleh klan saingan mereka, Koga. Untuk melindungi dirinya dari ancaman baru ini, Ittoki harus mengasah keterampilannya di satu-satunya akademi ninja yang tersisa di Jepang: Akademi Ninja Kokuten.